Ο Κεραυνός δεν διένυσε την καλύτερη χρονιά στο φετινό πρωτάθλημα, καθώς μετά την οριστική λήξη των τοπικών πρωταθλημάτων τερμάτισε στην 18η θέση του βαθμολογικού πίνακα της Α2 ΕΠΣΗ με 8 βαθμούς. Φτωχή συγκομιδή, ωστόσο υπολείπονταν 11 αγώνες και η παραμονή δεν είχε κριθεί και μαθηματικά.
Τη σεζόν 2009/10 ο Κεραυνός αγωνίστηκε στην Α1 κατηγορία της ΕΠΣΗ, αλλά το σημαντικότερο είναι πως αναδείχθηκαν εξαιρετικοί νεαροί ποδοσφαιριστές που μετέπειτα έκαναν την δική τους πορεία στο τοπικό ποδόσφαιρο και όχι μόνο.
Με απολαυστική ισοπαλία έκλεισε η ημέρα του Σαββάτου με Κεραυνό και Μεταξοχώρι να πραγματοποιούν ένα από τα καλύτερα παιχνίδια της Α2 ΕΠΣΗ την φετινή χρονιά με τελικό σκορ 3-3.